Основными задачами и функциями отдела являются:
планирование, организация, контроль и осуществление организационно-правовых, инженерно-технических и криптографических мероприятий в рамках реализации единой государственной политики по вопросам охраны государственной тайны, технической и криптографической защиты информации;
обеспечение режима секретности;
обеспечение работы с материальными носителями информации, относящимися к государственной тайне;
организация и осуществление специальной связи;
организация внедрения систем (средств) технической защиты информации.